Seit der deutschen Wiedervereinigung 1990 hat es drei Kirchenfusionen gegeben. Diese umfassten vor allem Landeskirchen auf dem Gebiet der ehemaligen DDR. Der Weg dahin war von jahrelangen Verhandlungen gekennzeichnet, in denen es unter anderem um kirchliche Traditionen, die Beibehaltung von Ämtern und den Standort der Kirchenleitung ging.
Die Mark und die Lausitz
Im Jahre 2004 vereinigte sich die Evangelische Kirche in Berlin-Brandenburg mit der Evangelischen Kirche der schlesischen Oberlausitz zur Evangelischen Kirche Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz (EKBO). Synode und Kirchenleitung fusionierten, eine neue Grundordnung trat in Kraft. Der Berliner Bischof Wolfgang Huber, im November 2003 zum Ratsvorsitzenden der Evangelischen Kirche in Deutschland gewählt, wurde von der gemeinsamen Synode im Januar 2004 im Bischofsamt bestätigt. Der Sprengel Görlitz ergänzt die zunächst drei Sprengel der ehemaligen Berlin-brandenburgischen Kirche.
Die EKBO hatte Ende 2025 knapp 746.000 Mitglieder in insgesamt 520 Gemeinden. Knapp 431.000 Gemeindemitglieder lebten in Berlin, 288.000 in Brandenburg und gut 27.000 in der ostsächsischen Region Görlitz. Höchster geistlicher Repräsentant ist aktuell Bischof Christian Stäblein.
Thüringen und die Kirchenprovinz
Im Jahre 2009 gründete sich nach jahrelanger Kooperation die Evangelische Kirche in Mitteldeutschland (EKM): Die Synoden der Evangelisch-Lutherischen Kirche in Thüringen und der Evangelischen Kirche der Kirchenprovinz Sachsen hatten 2007 der Vereinigung zugestimmt. Am 5. Juli 2008 gaben sie sich eine gemeinsame Verfassung.
Die EKM zählte im Jahr 2025 rund 552.000 Mitglieder in mehr als 3.100 Kirchengemeinden. Landesbischof ist Friedrich Kramer mit Sitz in Magdeburg und dem Kollegium des Landeskirchenamtes in Erfurt.
Im Norden erste deutsch-deutsche Kirchenfusion
Die Nordkirche ist die jüngste evangelische Landeskirche in Deutschland. Gegründet wurde die Evangelisch-Lutherische Kirche in Norddeutschland, wie sie offiziell heißt, zu Pfingsten 2012. Sie ist ein Zusammenschluss aus der Nordelbischen Kirche in Hamburg und Schleswig-Holstein mit der Landeskirche Mecklenburgs und der Pommerschen Kirche.
Vorangegangen waren langjährige Verhandlungen zwischen den Landeskirchen Nordelbien, Mecklenburg und Pommern. Es ist die erste evangelische Kirchenfusion über die ehemalige deutsch-deutsche Grenze hinweg.
Insgesamt zählte die Nordkirche Ende 2025 mehr als 1,58 Millionen Kirchenmitglieder. Davon lebten rund 1,04 Millionen in Schleswig-Holstein, rund 348.000 in Hamburg und rund 192.000 in Mecklenburg-Vorpommern. Landesbischöfin ist Kristina Kühnbaum-Schmidt. Ihre Predigtstätten sind der Dom zu Schwerin und der Dom zu Lübeck.